Любой документ, у которого будет установлен обработчик "server-parsed" будет сканироваться этим модулем, если включена опция "includes". Если вы имеете малое количество документов с ssi, то лучше всего в файле httpd.conf указать следующее:
и устанавливать у таких файлов расширение .shtml. Если же все или почти все документы будут иметь директивы ssi, то лучше в файле конфигурации указать:
addhandler server-parsed .html
И не забудьте включить в опции директории узла опцию includes:
options +includes
Конечно в этой строке могут быть и другие нужные вам опции
